09月01日 海基會致函海協會慰問四川攀枝花地震受災民眾。
由中國社科院臺灣史研究中心與河南大學、北京聯合大學、臺海出版社及全國臺聯共同舉辦的“林獻堂、蔣渭水——臺灣歷史人物及其時代學術研討會”在開封舉行。
海峽兩岸與香港高校賽艇龍巖邀請賽在福建上杭舉行
09月02日 海基會致函海協會，捐助汶川地震善款12億新臺幣。
高金素梅率臺灣原住民同胞參觀訪問桂林。
09月03日 中國通信學會郵政通信委員會與臺灣郵政協會共同主辦的第八屆兩岸郵政發展研討會在京開幕。
農業部與福建省簽署雙方共同推進海峽西岸現代農業建設的合作協議。
廈門啟動首個兩岸校企合作培養高職人才試點。
09月05日 臺北縣觀光旅游局局長秦慧珠帶隊前往福建參加即將在廈門舉辦的“第四屆海峽旅游博覽會”。
09月06日 北京殘奧會開幕式，中華臺北隊入場引起熱烈歡呼。
第四屆海峽旅游博覽會開幕，兩岸業者共育品牌。
為期6天的第四屆海峽旅游博覽會在廈門開幕，國家旅游局局長邵琪偉在開幕式上表示，大陸即將推出新的措施，進一步促進大陸居民赴臺旅游持續有序發展。
首屆海峽兩岸農產品交易會在福建南安舉行。
09月07日 第三屆海峽西岸經濟區論壇在廈門開幕式，中共中央臺辦、國務院臺辦主任王毅受權宣布了大陸方面為便利兩岸同胞交往采取的五項新的政策措施。
閩粵浙贛23市簽署《廈門宣言》推動兩岸旅游合作。
《第二屆海峽兩岸大學校長論壇宣言》發布。
09月08日 陳云林受海基會委托向汶川地震災區轉交臺胞2.7億捐款
第三屆“兩岸經貿合作與發展論壇”在廈門舉行。
兩岸經貿交流協會擬推四措施促進兩岸經貿正常化。
廈門海滄開建保稅港區，臺企大贊利好。
09月09日 陳云林考察四川地震災區臺胞援助重建項目。
由臺盟中央、全國臺聯主辦的“2008在京臺胞中秋茶話會”在全國政協禮堂舉行。
由中華全國青年聯合會、臺灣中華青年交流協會與貴州省青年聯合會共同舉辦的第七屆兩岸青年中秋聯歡晚會在貴州舉行。
09月10日 800多名臺灣居民通過國家司法考試資格審核。
廣東省省長黃華華會見了臺灣中信金控集團董事長辜濂松先生一行。
09月11日 第十二屆中國國際投資貿易洽談會落下帷幕。
閩臺信息產業商會、協會簽訂戰略合作協議。
09月12日 由香港中華總商會會長霍震寰率領的訪問團拜會臺灣海基會董事長江丙坤，雙方均期盼加強港臺之間的交流與合作。
09月15日 由中國國民黨臺北市委員會主委潘家森率領的中國國民黨臺北市訪問團抵達上海，開展政黨交流活動。
浙江象山與臺灣臺東通過建立交流與合作關系備忘錄。
09月16日 國家旅游局局長、海峽兩岸旅游交流協會會長邵琪偉在京會見了由臺灣觀光旅館商會大陸事務委員會主任委員李昌霖率領的臺灣觀光旅館商會代表團一行。
09月17日 海峽兩岸關系協會致函臺灣海峽交流基金會，對臺灣部分地區遭受臺風災害表示慰問。
第七屆遼寧臺灣周在丹東開幕，約200位臺商聚集丹東進行經貿洽談等活動。
中共中央政治局委員、上海市委書記俞正聲，在滬會見中國國民黨臺北市委員會訪問團一行。
第16屆海峽兩岸都市交通學術研討會在江蘇省南京市召開。
中國航海學會救撈專業委員會和臺灣民間中華搜救協會簽訂了加強海上救助打撈合作意向書。
09月18日 中共四川省委副書記李崇禧會見了前來出席第四屆“海博會”的中國國民黨副秘書長張榮恭一行。
福建新推十條針對省外居民“小三通”赴臺游線路。
09月20日 廈大附屬中山醫院與臺大醫學院附設醫院攜手合作。
國家司法考試在香港舉行，臺灣居民首次參加。
紀念海峽兩岸出版交流二十周年圖片展在臺北世貿中心三館開幕。
海協會副秘書長王小兵率19名四川地震重建規劃專家到臺，與臺灣地震重建專家交流，并實地考察9.21地震重建。
09月21日 泉州首個最大規模臺灣進香團“圓滿年”進香。
09月22日 馬英九表示臺灣“教育部”要承認大陸學歷，最快明年可以開放大陸學生到臺灣就學。
臺灣教育部門修改相關法規，增列大陸學生到臺就學的法源。臺當局“教育部次長”呂木琳表示，大陸學生未來到臺讀書身份將比特種生類認定。
新聞出版總署署長柳斌杰與參加“紀念海峽兩岸出版交流20年系列活動”的中國國民黨榮譽主席連戰會面。
09月23日 臺灣“中華法學會”參訪團一行10人，前往福建省高級人民法院參訪。
公安機關出入境管理部門將于近期實施調整現行5年有效臺灣居民來往大陸通行證號碼編排規則、增加5年有效臺胞證補換發單位和增設口岸臺胞證簽注點3項便利措施，方便臺灣同胞來往大陸和在大陸居留。
“2008海峽兩岸圖書展”在臺中開幕。
海峽交流基金會公布，即日起大陸地區配偶來臺必須申報流動人口辦法正式廢止，未來大陸配偶來臺不需再向所在地管區派出所辦理流動人口登記。
09月25日 臺灣教育主管部門決定先放寬臺灣大學赴大陸開設推廣教育學分班或非學分班。
國務院臺灣事務辦公室發言人表示，大陸方面同意臺灣專家來大陸了解溝通情況，并在兩會框架下建立直接聯系渠道，妥善處理涉及兩岸的食品安全問題。
福建省委常委、廈門市委書記何立峰一行26人取道廈金航線，開始了為期6天的回訪交流。
“海峽兩岸百名書畫家藝術展”在北京民族文化宮舉行。
09月26日 由中華民族文化促進會、臺灣兩岸文化藝術聯盟、澳門中華民族文化促進會聯合主辦的“兩岸文化交流協商會議”，在澳門舉行。
09月27日 “兩岸文化交流協商會議” 在澳門落幕，并發布《會議紀要》。
09月30日 第七屆“海峽兩岸知識大賽”在臺北內湖維多利亞酒店揭開序幕。
